Tokyo yönetimi, J-ctOS adı verilen yeni, fütüristik bir kentsel altyapı yönetim sistemini uygulamaya koyduğunda, bağlantı kolaylığı sayesinde vatandaşların yaşamları hızla iyileşmişti. Ancak hiçbir şey göründüğü gibi değil. Müfettiş Goda Gordon, adalete inanan, onurlu bir polis memuru ama soruşturmaları çıkmaz sokaklara girince, çareyi başka yollarda arıyor ve J-ctOS'un, Tokyo şehrini hakimiyeti altına aldığını anlıyor. Çok geçmeden, kentindeki yolsuzlukla mücadele etmek için tek seçeneğinin DEDSEC bilgisayar korsanlarının elinde olabileceğini fark ediyor. Müfettiş Gordon, J-ctOS'a karşı mücadelesinde ne kadar ileri gidecek?